小麦研究所建于1948年,地处晋南粮果带中心区域-临汾市尧都区，前身是“晋绥边区临汾农事试验场”。1979年5月，定名为山西省农业科学院小麦研究所。2019年10月，山西农业大学与山西省农业科学院合署，成立新的山西农业大学，更名为山西农业大学小麦研究所（山西省农业科学院小麦研究所）。2020年4月，山西省农业科学院隰县农业试验站划归我所。是以小麦研究为主，同时开展玉米、大豆、花生等作物种质创新与新品种选育、配套高产栽培与有机旱作技术研究等的综合研究机构。应用研究与基础研究并重，着重研究解决全省小麦特别是晋南地区主要种植作物生产中的重大技术问题。立足当前当地，发挥校市合作桥头堡、地方经济发展服务区、本科生实践教学和专业学位研究生培养新平台作用。

下设有机旱作研究室、水地育种研究室、分子育种研究室、综合化验室、植物保护研究室、经济作物与杂粮研究室、玉米作物研究室、特色作物研究室、蔬菜林果研究室、高寒作物研究室10个科研科室和党政办公室、科研办公室、社会服务办公室、后勤保卫科、组织人事科、财务资产科、隰县农业试验站7个管理科室。

我所编制186人，现有在职职工144人，其中研究员8人，副研究员45人，博士19人，硕士52人。

作为国家小麦产业体系临汾综合试验站挂靠单位、山西省小麦产业体系依托单位，现有国家小麦产业体系山西试验站站长1人，山西省小麦产业体系首席专家1人，山西省农业产业技术体系岗位专家7人。

享受国家特殊津贴专家1人，中央和省委联系高级专家1人，全国优秀农业科技工作者1人，山西省学术技术带头人1人，山西省青年拔尖人才1人，“三晋英才”2人，山西省农林水劳动模范2人，临汾市高层次人才89人，临汾市政协委员1人。

拥有所部、韩村、洪堡和隰县试验站4个试验基地，面积3900余亩；建有小麦品质遗传改良临汾市重点实验室、小麦细胞工程与分子育种实验室、土壤植物生理实验室和有害生物治理实验室，仪器设备总价值2000余万元。

建所以来，主持或承担科技部、农业部项目62项，省级项目275项；获国家、省部级奖项109项。其中国家科技进步一等奖2项、二等奖5项；省级科技进步一等奖15项、二等奖38项、三等奖48项；授权发明专利36项，制定省级地方标准21项；审定作物品种123个。生产上有影响的品种：晋麦10号、晋麦31号、晋麦33号、晋麦45号、临优145、晋棉7号、晋单34号等，目前大面积应用的有临丰3号、晋麦92号、晋麦95号、品育8012。集成的“冬小麦-夏玉米水肥一体化高产栽培技术”是2023年农业农村部及山西省农业主推技术。发表论文1400余篇，出版《山西小麦》、《小麦品质及其改良》等学术著作40余部。

校院合署以来，培育和发展教育事业，现有博士生导师2名，硕士生导师22名，教育专业涵盖作物遗传育种、作物栽培学与耕作学、资源利用与植物保护、农业资源与环境、农艺与种业等。