山西农业大学小麦研究所始建于1948年晋绥边区临汾农事试验场，

1950年更名为山西省临汾专区农业试验场；

1955年更名为晋南专区临汾农业试验站；

1957年更名为山西省临汾农业试验站；

1958年更名为晋南农业科学研究所；

1962年更名为山西省农业科学院临汾小麦研究所；

1970年更名为山西省临汾地区农业科学研究所；

1975年更名为山西省小麦研究所；

1979年更名为山西省农业科学院小麦研究所。

2019年山西农业大学与山西省农业科学院合署，成立新的山西农业大学小麦研究所。